Durante la época prehispánica, la población de este lugar, fue sometida al dominio territorial del señorío tarasco, por los sucesores de Tariácuri: Hiquíngare, Tanganxoán e Hirépan, los que para garantizar el pago de tributos nombraron como cacique a Cupauxanti.

En el siglo XVI, con la llegada de los españoles, después de haberse efectuado la conquista en Apatzingán, La Huacana fue entregada en encomienda al Sr. Juan Pantoja.

En el siglo XVIII, en el año de 1789, Don José María Morelos, ocupó el curato de Tamacuaro de la Aguacana.

En el año de 1795, en esta región hizo erupción el volcán del Jorullo, afectando seriamente al poblado.

El 20 de noviembre de 1861, el Congreso del Estado, decretó la creación del municipio de La Huacana, y posteriormente le fue retirada dicha categoría.

El 12 de marzo de 1907, se le restableció como Municipio.